El juego comienza mostrando la futurista ciudad de Tokio, que mezcla de forma exquisita lo moderno con lo clásico, así como una convivencia armónica de distintos estilos de vida y culturas, en la que tiene cabida un ninja como Ryu. La chica del juego, Sonia, se acerca a un local en busca del famoso ninja, cuando sufre el ataque de unos ninjas de un clan rival.