El argumento es una mera excusa para mostrarnos situaciones que proyectan las numerosas fases que encontraremos en el juego: todo comienza con Crash y sus amigos en una playa, cuando de repente aparece el pesado de Neo Cortex. Desde un vehículo aéreo, lanza un par de jaulas y captura a la máscara Aku Aku y a Coco; Crash salva a la máscara, pero ahora tendrá que embarcarse en una nueva aventura para localizar a esta última.