El territorio fue conocido antiguamente como Los Chocoyos, debido supuestamente a que sus moradores construían sus casas con ramas verdes.

En 1627, frailes misioneros mercedarios (orden de La Merced) fundaron el municipio en el antiguo Valle de Metlalpán o Metapán, palabra náhuatl que significa "especie de petate" o "sábana de piedra".

Metapa cambió su nombre por el de Ciudad Darío en honor al poeta, el 25 de febrero de 1920, durante la administración de Emiliano Chamorro.