El nombre de Boaco, está formado por dos palabras o raíces de origen zumo y azteca. "Boa o Boaj", que significa "encantadores", y la terminación "o", que quiere decir "lugar o pueblo", deduciéndose que el nombre significa: "Pueblo o Lugar de Encantadores".

El centro urbano, Boaco, estuvo anteriormente situado cinco leguas al oriente de su actual ubicación, pero de ese antiguo poblado conocido como Boaco Viejo, no quedan vestigios de ninguna clase.

El pueblo primitivo fue destruido el 22 de diciembre de 1749, cuando miembros de tribus zambos, caribes y mosquitos, alentados por ingleses del Atlántico llegaron en son de robo y exterminio.

Los sobrevivientes, abandonaron el cacerío para fundar un poco hacia el oeste el poblado que hoy se conoce como Baoquito, de donde salieron nuevamente en éxodo -en fecha desconocida- hacia su actual asentamiento debido a una epidemia de cólera.