Según datos históricos, entre 1600 y 1752, este poblado se llamaba San Bartolomé de Comalagualpan, en honor de su primer patrono.

En sus escritos, el Obispo de Costa Rica y Nicaragua, Fray Agustín Morel de Santa Cruz, que visitó este lugar el 20 de marzo de 1752, describe que éste era un poblado pedregoso compuesto de 16 chozas de paja, cuyos habitantes eran indígenas que aún usaban taparrabos y que tenía una ermita consagrada a San Bartolo,

Los pobladores originales de Comalagualpan vivieron por muchos años en el sitio conocido como El Limón, ubicado a unas cuatro leguas al oriente de su actual posición urbana, hasta que a principios del siglo XVIII se trasladaron definitivamente y edificaron poco a poco el apacible poblado de hoy.

Su nombre sufrió varios cambios lingüísticos, para 1752 se llamaba Comalagualpan, en el año 1850 pasó a llamarse Comalapan, para finalmente en 1895, quedar con el nombre de Comalapa.