No existen documentos coloniales que permitan saber el año de fundación de San Carlos, lo único cierto es que esta ciudad no existía para 1679, año en que el obispo de Nicaragua, Fray Andrés de las Navas y Quevedo expuso al Rey de España la necesidad de fundar una ciudad en la "boca del desaguadero", como se le llamó al San Juan durante la colonia.

Dada la importancia que para España significaba el Desaguadero de la Laguna como le llamaban al Lago de Nicaragua y su desagüe natural el Río San Juan, no puede negarse que la antigua y desaparecida ciudad española de Nueva Jaen haya ocupado el actual asiento de San Carlos.

Hasta el siglo pasado, el control sobre el Río San Juan, fue causa de conflictos políticos y entre compañías extranjeras que comenzaron a desarrollar actividades de tipo enclave, dirigidas a la explotación de la madera, cultivo del caucho, raicilla, bananeras, y del río mismo como ruta interoceánica.

Cuando se terminaron estas actividades, la región del Río San Juan quedó en el olvido y marginada.