Hay quienes aseguran que los primeros habitantes de este municipio fueron las tribus indígenas del cacique Nicaragua. Otros afirman que el núcleo inicial de Buenos Aires se formó por la convergencia de varios grupos cercanos.

El 15 de agosto de 1717 los pobladores de los caseríos San Antonio, Nagualapa y Chita, diseminados en varias parcialidades entre el Gran Lago y la antigua mar del sur, solicitaron a la Real Audiencia de Guatemala regresarse de Granada como hijos del Valle

de la Purísima Concepción de Rivas, para establecerse en el actual municipio de Buenos Aires.

Algunos pobladores aseguran que el nombre inicial de Buenos Aires era el de Villa de San José.